La Asociación “Eo,Eo” tiene una estructura flexible, democrática y participativa, que según rige los estatutos de la entidad cada 2 años se realizan elecciones, en los cuales los miembros eligen a los distintos representantes. En la actualidad la Junta Directiva esta compuesta por los siguientes miembros, en los cuales estan a disposición de la población la formación de los integrantes.
Indistintamente del organigrama de la Junta Directiva, la entidad se rige según los estatutos, y la Asamblea General de Socios, es la que de forma bianual eligen nuevos miembros.
Dentro de la entidad, existe otro organigrama de funcionalidad para la toma de decisiones de carácter interno, elaboración de informes, creación de proyectos e intervención comunitarias, que es el Equipo Técnico Educador, compuesto por el Coordinador-Técnico y por los profesionales de la entidad, que se encuentran contratados.
Los voluntarios de la entidad juegan un importante papel dentro de “Eo,Eo” y de esta forma tiene un representante dentro de la Junta Directiva que se encarga de llevar y transmitir las ideas y propuestas.